Žemaičių vyskupystės muziejus – Žemaičių muziejaus „Alka“ padalinys, įkurtas istoriniuose Žemaičių kunigų seminarijos rūmuose Varniuose.
Tai muziejinė erdvė, kurioje sutelktos kelių šimtmečių Žemaitijos šventovių sakralinės vertybės, meno šedevrai, istoriniai ir archeologiniai artefaktai, siekiantys net XV–XVI a. Žemaitiją.